Varhany jsou nazývány královským hudebním nástrojem. Po staletí zaujímaly výjimečné postavení díky svému využití nejen v sakrální oblasti. Jejich zvuková barevnost a majestátnost nachází uplatnění zejména při slavnostních okamžicích, nebo ve vánočním, velikonočním, či postním období. Varhanní třída v naší ZUŠ je vybavena píšťalovými pneumatickými varhanami značky Šurát (darované akciovým pivovarem v roce 1914) se dvěma manuály. Pod vedením zkušených pedagogů se žáci zdokonalují jak v sólové, tak v komorní hře. Součástí výuky je improvizace, hra z listu, seznámení s liturgikou, ale také se základy údržby nástroje. Všechny tyto disciplíny pak varhaník využívá v praxi. Nezbytnou podmínkou pro hru na varhany je předcházející či souběžné studium hry na klavír nebo elektronické klávesové nástroje. Žáci varhanní třídy se prezentují na koncertech nejen v ZUŠ, ale pravidelně i v některém z kostelů v Českých Budějovicích. Díky tomu se seznamují s rozličnými nástroji. Každý z nich je totiž unikát se specifickými vlastnostmi. Varhanní třída nabízí možnost přípravy k přijímacím zkouškám na konzervatoř, nebo na školy s pedagogickým zaměřením.